Bio-Rad推出ddPCR检测,快速评估CRISPR效率


在检验CRISPR/Cas9的基因组编辑效果时,你现在有了新工具。Bio-Rad公司近日宣布推出ddPCR™ Genome Edit Detection Assays,可利用微滴式数字PCR(ddPCR)技术来鉴定CRISPR/Cas9所产生的编辑。


CRISPR/Cas9基因组编辑是一种强大的技术,但编辑效果往往取决于多个实验条件,包括使用的细胞类型、转染方法、目标序列,以及其他许多因素。基因组编辑的成功率通常不高,以干细胞为例,成功的基因组编辑也许不到5%。


目前有许多方法可评估基因组编辑的效率,包括新一代测序(NGS)和高分辨率熔解分析等,不过它们在时间、成本或性能上或多或少存在不足。例如,NGS的周转时间通常为几周,而且分析很复杂,这使其不大适合常规筛选。此外,为了提高灵敏度,人们需要对同一DNA多次测序,这大大增加了时间和成本。


如今,借助Bio-Rad的ddPCR技术,研究人员能够在更短的时间内,以更低的成本来精确评估基因组编辑的效果。这种技术将样本分成数千个微滴,大大提高了信噪比,让用户可定量极其稀有(频率低至0.5%)的编辑,并在一天之内获得结果。


ddPCR与CRISPR强强联合,已在多篇论文中发表。2015年,杜克大学在《Science》上发表了一种基于ddPCR的方法,来检测那些治疗小鼠杜氏肌营养不良的基因编辑。第二年,《Nature Protocols》和《Scientific Reports》也发表了详细的ddPCR策略,以便评估基因组编辑的效果。最近,Broad研究院的研究人员也利用ddPCR来验证一种基于CRISPR的核酸检测平台的灵敏度。


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